ガンダムシリーズ初のOVA作品であり、「機動戦士ガンダム」の生みの親であり育ての親でもある富野由悠季総監督以外の手で初めて制作された作品でもある本作。 これまでの、ガンダムを操る側からの視点で描く手法ではなく、アル少年とジオン公国軍新兵のバーニィという２人の主人公を軸に、ガンダムを倒す側の視点で描いた意欲作となる。またその後のガンダムサーガに「裏面史」という作劇方法を確立させた先駆け的作品ともなっている。

地球連邦軍とジオン公国軍による戦いが熾烈を極める宇宙世紀0079年末期。連邦軍の開発したニュータイプ専用モビルスーツ・ガンダムNT-1 アレックスを巡る戦いが、宇宙に浮かぶコロニー・サイド6で展開する。惹かれあいながらも、お互いの素性を知らぬまま戦うアレックスの女性テストパイロット・クリス、アレックスを狙うジオン軍の青年パイロット・バーニィ……。少年アルは彼らの戦いの目撃者となる。