『機動戦士ガンダムSEED』の続編。前作から2年後の世界を描いた本作では、新たな主人公シン・アスカや彼と行動を共にする者たちを軸にして物語が展開。それに前作のキャラクターたちが加わり、それぞれの正義と信念が交差するストーリーが大きな反響を呼んだ。

地球連合、ザフトの双方に多大な犠牲を出した戦争から2年。 人々は傷つきながらも未来へ向け、少しずつ前進していた。先の戦争で家族を失った主人公シン・アスカは、心に深い傷を負いながらもインパルスガンダムのパイロットとして、ザフトのエースとして戦いに身を投じる。連合、ザフト、オーブ……それぞれの国家間の思惑に翻弄されながらも戦い続ける若者たちがつかむ運命とは……？