汎用ヒト型決戦兵器「エヴァンゲリオン」に搭乗することになった14歳の少年、碇シンジは、「使徒」と呼ばれる謎の敵との戦いに身を投じる。同じくエヴァンゲリオンのパイロットとなった綾波レイ、式波・アスカ・ラングレーと共に、襲い来る使徒を迎え撃つシンジ。NERVは、そして14歳の少年少女たちは、迫る危機にどう立ち向かうのか？そして待ち受ける衝撃の運命とは！？

汎用ヒト型決戦兵器「エヴァンゲリオン」に搭乗することになった14歳の少年、碇シンジは、「使徒」と呼ばれる謎の敵との戦いに身を投じる。同じくエヴァンゲリオンのパイロットとなった綾波レイ、式波・アスカ・ラングレーと共に、襲い来る使徒を迎え撃つシンジ。NERVは、そして14歳の少年少女たちは、迫る危機にどう立ち向かうのか？そして待ち受ける衝撃の運命とは！？