宿命のライバル、アムロ・レイとシャア・アズナブルの対決と、その決着を描いた劇場用作品。
アムロとシャアの対決を縦糸とするならば、横糸には幾重にも折り重なって描かれる人間模様と緻密なメカ描写が加わり、比類無き完成度を誇る作品となっている。

かつてエゥーゴでアムロたちと共に戦ったシャア・アズナブルは、ネオ・ジオン軍を率い、腐敗し続ける地球連邦に対し、宣戦を布告。地球へ小惑星フィフス・ルナを落とす。それに対し、アムロは自らが設計したνガンダムを駆り、シャアとの最後の戦いに挑む。