「コードギアス 反逆のルルーシュ」の第2期シリーズ。
「ギアス」や「黒の騎士団」という2つの力を手に入れたルルーシュと、ナイトオブラウンズの一員となったスザクの信念がぶつかり、世界はどう変わっていくのか……壮大な物語の結末に誰もが息をのんだ話題作である。

ゼロによる反乱「ブラックリベリオン」が失敗して1年。黒の騎士団は地下に潜り、ゼロは死んだと発表された。
ルルーシュは父であるブリタニア皇帝シャルルのギアスにより、偽りの記憶を植え付けられ、平穏な日々を過ごしていたが、Ｃ．Ｃ．との再会により失った記憶とギアスの力を取り戻す。
求めるのは、神聖ブリタニア帝国によって連れ去られたナナリーを取り戻し、彼女が平穏な日々を過ごせる世界を創ること……魔神ゼロの復活だ。